Primele informaţii despre construirea unui lăcaş de cult în satul Negoeşti datează din anul 1624 când care se pomeneşte despre ridicarea "mânăstirii Negoeşti" de către slugerul Stanciu în vremea lui Radu Şerban. Totodată, cercetarea documentelor ulterioare emiterii hrisovului de mai sus arată că posesiunile deţinute de acest Stanciu au fost confirmate altor dregători domneşti de către Matei Basarab, lucru ce demonstrează clar că acesta a început ridicarea bisericii, dar nu a putut-o finaliza din cauza mazilirii sau a plecării din ţară.
Existenţa în această localitate a "conac" (în perioada 1640 - 1650) ne confirmă încă o dată că în acest interval biserica din Negoieşti a putut fi terminată cu ajutorul soţiei lui Matei Basarab (doamna Elena). Aceasta poate fi considerată potrivit pisaniei de la intrare ca ctitor al noii biserici. Acest locaş de cult ce va primi hramul Sfinţii Voievozi Mihail şi Gavril.
Constuirea bisericii a fost finalizată în timpul lui Matei Basarab. Incinta avea forma unui patrulater neregulat. Zidurile erau din piatră şi cărămidă, turnul bisericii era construit din cărămidă până la jumătate, iar restul din lemn. Cupola era protejată în exterior şi în interior cu şindrilă de brad. În altar pardoseala era din scânduri de lemn în loc de piatră. Înălţimea totală a boltei era estimată la 30 stânjeni şi jumătate. Ferestrele erau din fier şi erau prevăzute cu geamuri. Pardoseala interioară a bisericii era din cărămidă, uşile erau făcute din scânduri de stejar şi se închideau cu ajutorul unor balamale. La intrarea în biserică era pusă o pisanie care avea următorul conţinut: "Acest cinstit şi dumnezeiesc hram, cu toate cele ale monastrii s - au zidit din temelie de binecinstitoarea doamnă Elena, soţia marelui şi binecinstitului domn Io Matei Basarab Voievod a toată ţara Ungrovlahiei în anii 1648 - 1649, ispravnic a fost Manea postelnicul; a scris preotul Gheorghe."

Chiliile au fost construite o dată cu lăcaşul bisericii din zid. Iniţial ele cuprindeau un număr de 8 încăperi, acoperite cu şindrilă şi prevăzute fiecară cu pivniţă. Pe jos acestea erau pardosite cu scândură din lemn de stejar. Uşile erau din lemn, iar ferestrele erau din fier. Toate încăperile erau prevăzute cu sobe de încălzit. Pivniţele erau foarte mari fiind pardosite cu scânduri de stejar şi erau destinate păstrării produselor necesare aprovizionării egumenilor şi călugărilor mânăstireşti.
Clopotniţa era construită din zid "făcută din proiect" fiind învelită cu şindrilă. Aici a fost montat la inaugurare un clopot despre care se spune că a fost luat de turci la prima invazie a lor asupra mânăstirii, în anul 1680. Zidul împrejmuitor făcut din cărămidă avea o înălţime ce depăşea 2,50 m. Intrarea se făcea printr-o poartă mare construită din scânduri de brad. În împrejurimi nu se aflau alte locuinţe sau mijloace de protecţie sau de avertizare.
Aşezământul prezentat mai sus era descris de Paul de Alep, călătorul sirian, ce a trecut pe aici în a doua jumătate a secolului al XVII - lea, ca fiind o construcţie " cu totul nouă". El nu face alte precizării despre lăcaşul de cult, nedând nici măcar informaţii dacă aceasta a fost inaugurat într - un mod oficial, aşa cum dăduse despre alte mânăstiri ctitorite de către Matei Basarab.