Pe zidul de incintă va începe în anul 1487 edificarea unui turn de apărare a oraşului. Includerea turnului în corpul bisericii va duce la demolarea turnului nordic şi ridicarea unui turn cu scară în spirală prin care se asigură un acces independent spre turnul nou construit. În 1478, după demolarea unuia dintre cele două turnuri ale bazilicii romanice, s-a început construirea, alături de turnul păstrat, a unui nou turn care era iniţial plasat în afara zidurilor bisericii şi care va fi legat, prin lucrări de zidărie şi tâmplărie, abia în 1487. Turnul a fost construit în mai multe etape: în 1487 s-a ajuns până la mijlocul etajului al doilea, după cum arată cifra 1487 săpată pe peretele exterior nordic, anul 1509 este săpat apoi la marginea superioară a peretelui nordic la etajul trei, la nivelul patru este înscris anul 1513, iar la etajul ultim al cincilea este scris anul 1519, deşi lucrările vor fi finalizate abia în 1544. Concomitent a fost montat în turn un ceas. În incendiul din 1857, turnul a ars, fiind apoi refăcut în partea superioară în 1861, când a fost montat remontat ceasul.

În prezent, turnul bisericii se află în cadrul unui proiect de reabilitare şi renovare, accesul în turn fiind interzis. Pe data de 11 iunie 2008 a izbucnit un incendiu la baza turnului bisericii. Ceasul din turn era oprit la ora 18:05, dar mecanismul ceasului fusese scos datorită renovării turnului. Din cauza schelelor din lemn de brad în care era îmbrăcat turnul, focul s-a extins rapid până sus. Schelele din lemn de brad au fost proiectate de prof.dr.ing. Szabo Balint de la Universitatea Tehnică Cluj-Napoca, Facultatea de Arhitectură şi Urbanism. (Proiectul includea lemn ignifugat, însă la licitaţie primăria a renunţat la această soluţie din cauza costurilor "prea mari"). În mai puţin de o jumătate de oră acoperişul turnului, precum şi acoperişurile a trei dintre turnurile mici care reprezentau dreptul de judecată al oraşului medieval (cunoscut în limba latină drept ius gladii) s-au prabuşit. Pagubele au fost estimate de evaluatori la peste un milion de euro.