În interiorul zidurilor, fortificaţia romană târzie de la Capidava, cu o suprafaţă care nu depăşeşte 1,5 hectare, adăposteşte un singur monument paleocreştin. Biserica ocupă o poziţie marginală în colţul de nord-est al cetăţii, în apropierea incintei, în dreptul turnului nr. 2 şi este tangentă cu colţul său nord-vestic la curtina B, în timp ce absida bisericii se găseşte la aproximativ un metru distanţă de curtina C a incintei.
Monumentul creştin a fost identificat de Gr. Florescu în perioada dintre cele două războaie mondiale, cu ocazia amplelor lucrări de degajare a incintei din prima jumătate a secolului XX. În cursul celei de-a doua jumătăţi a secolului XX şi după anul 2000, monumentul a mai făcut, în câteva rânduri, obiectul unor cercetări de teren. Din anul 2006 explorarea bisericii a fost reluată cu scopul de a revizui integral cercetările anterioare, în vederea publicării ulterioare a rezultatelor.
Descoperirile ilustrează un fenomen simptomatic de supraaglomerare a suprafeţei urbane în perioada secolelor IV-VI p.Chr., când numeroase construcţii cu destinaţii foarte diverse se alipesc curtinelor anterior pomenite, organizându-se practic din punct de vedere urbanistic în funcţie de traseul incintei pe care o folosesc ca punct de sprijin. Pentru implantarea bisericii structurile preexistente, cele mai multe datând din perioada secolelor III-V p.Chr., au fost nivelate şi sigilate practic sub nivelul edificiului creştin. Ocuparea terenului pare foarte intensă în cursul secolelor IV şi V în zona ce va fi ocupată la începutul secolului al VI-lea de monumentul de cult creştin, aşa cum par să o dovedească cele 94 de piese monetare recoltate din săpătură în campania 2015, atât în interiorul, cât şi în exteriorul bisericii, din contexte stratigrafice clare. Totodată, prezenţa mai multor piese cu caracter militar printre artefactele provenind din zona bisericii (umbo de scut, vârf de lance, numeroase piese de centură din bronz) ar putea constitui un indiciu pentru destinaţia militară a unora dintre construcţiile anterioare biserici, aflate sub ruinele sale.